Ya el Huáscar en posición de la armada chilena luego del combate naval de Angamos, debido al pésimo estado en que quedo por el bombardeo del Cochrane  y el Blanco Encalada, debió ser llevado para su reparación y reforzarlo al puerto chileno de Valparaíso.

El elegido para comandar el monitor que tantos problemas había dado a Chile fue el capitán de fragata Manuel Thomson, quien una vez reparado el buque lo dirigió al norte, con rumbo al puerto peruano de Arica para unirse al resto de la escuadra chilena que mantenía el bloqueo del lugar.

Se le habían instalado al monitor dos cañones de 40 libras con alcance de 7000, por lo cual lo hacían un buque de temer para los fuertes peruanos ubicados en el morro.

El Huáscar se acerco demasiado a tierra con la intención de bombardear el ferrocarril, recibiendo una lluvia de proyectiles desde los fuertes y del monitor Manco Cápac, que funcionaba como fuerte flotante. Una de esas descargas dio de lleno en el monitor, causando mucho daño al buque y dejando varios heridos.

El bombardeo llevaba casi una hora, donde la escuadra disparaba y se alejaba del alcance de la artillería enemiga.           

A media tarde y cuando el bombardeo había acabado, el Manco Cápac se puso en movimiento para llamar la atención del enemigo y así acercarlo a las posiciones de defensa. El comandante Thomson acepto el reto, acelerando los motores para espolonear al buque peruano, pero fue tanta la presión ejercida en las calderas que estas explotaron dejando inmóvil al monitor chileno a merced del Manco Cápac, el cual abrió fuego contra el  dando de lleno con un proyectil de 500 libras, dando muerte así al comandante Thomson.

El segundo comandante del monitor toma el mando, sacando al Huáscar de la línea de fuego enemigo.